小社前身の喜屋武酒造所に、代表者の喜屋武ナヘ（現代表の祖母）を訪れた発酵学の世界的権威 故・坂口謹一郎東大名誉教授が、こうじや桶の周囲の土を採取。この時坂口博士は、沖縄で68の酒造所を回って約620株の黒こうじ菌を研究採取し、東京に持ち帰る。

標本を命とも思う坂口博士は、黒こうじ菌株の「疎開」を決意。研究室の床板をはがして箱を作り、博士のふるさと新潟県高田（現上越市）などに分散した。

3ヵ月以上に及ぶ地上戦で、酒造所が集中する首里は、地形も変わる壊滅状態に。酒造ごとに長年伝えられてきた、個性豊かな味わいの菌は全て絶えた。疎開せずに首里で、こうじを守り続けた喜屋武ナヘは4月に戦死。

物資が底をついた終戦直前、黒こうじ菌は強い糖化力からアルコールの生産原料として期待され、東大でも研究が行われていた。幸いその研究中に終戦を迎え、沖縄で採取された菌も沖縄戦に関わることなく保存棚に戻り、そっと忘れられていく…。

坂口博士の沖縄採取菌は、戦後何度か処分の対象になりながらも、奇跡的に東大分子細胞生物学研究所のコレクションに残されていた。14工場の19株、採取時のわずか3%。14の菌主のうち、酒造りを続けていたのは小社を含む2社だけ。他の酒造は沖縄戦以後に廃業しており、それらの菌は帰る先がないままに。

暮れ近くにようやく東大での培養、分離が完了。翌年早々、「幻の菌」は首里崎山町の故・喜屋武ナヘ宅（現小社代表・佐久本家）に迎えられた。

2月2日に試験管を開封。沖縄国税事務所の須藤博士（当時）が里帰りした菌2種のシャーレ培養実験を行う。しかし、瑞泉菌には繁殖のための胞子がつかず、「酒造りは困難」との判定が。一同消沈。

今度はシャーレではなく本物の原料・タイ米に菌をつけ、種こうじ作りで実験。もはや復活は望み薄に見えた瑞泉菌も実験の対象に。しかし、一夜あけると瑞泉菌をつけた米の方に真っ黒な胞子が！「神秘を感じた」（須藤博士談）。どんでん返しで「酒造りは瑞泉菌が適当」ということになり、仕込みは5月に決定。

もろみから1週間、タンクからふと甘い香りが。危ぶまれた低温発酵の賭けに勝った。もう大丈夫。一同泣く。

取材陣約50名が見守る中、戦前の味を知る小社前会長 故・佐久本政敦（当時89）が、生まれたての一番酒を口に含んだ。蒸留直後にあるはずの、鼻につく匂いの代わりに果実香が漂う。甘く柔らかく「昔の酒よりうまい」。父祖の酒に余計な名付けは無用と、銘は「御酒（うさき）」とする。